Merlí sapere aude serie gira en torno a Pol Rubios, quién regresa a clases y comenzará a acudir a la Facultad de Filosofía, siguiendo los pasos de Merlí.

Esto con el objetivo de imitar a su mentor y terminar como profesor. Al comienzo del segundo semestre de la universidad, Pol conocerá a un chico mayor que él, y empezará a sentirse atraído por él, pero llegará un antiguo amigo que le cambiará la vida con una noticia desagradable. Alfonso tendrá que buscar un empleo con el fin de costear un monto elevado y en el grupo de filosofía hay alguien con la intención de ayudarle. Por otra parte, Rai empezará el semestre con el pie izquierdo, ya que Minerva no ha regresado de Argentina y siente que hay una distancia notable, hasta el punto de considerar si seguir con ellos o no. Conoceremos a Oti, un personaje que tomó la decisión de mejorar su vida desafiando a sus padres y a su novio Arnau para descubrir nuevas pasiones. De la misma forma, Biel desea organizar una liga de debate para concluir el curso. Bolaño lucha con su adicción a la bebida. Todos estos chicos quieren una sola cosa; culminar la carrera.

Pero la carrera en Merlí sapere aude serie no será sencilla y sumado a ella, los problemas comunes entre los jóvenes tendrán consecuencias en las vidas de estos chicos.